Sông Nhuệ đi qua 6 tỉnh là Hà Nội, Hòa Bình, Hà Tây, Hà Nam, Nam Định và Ninh Bình. Bao nhiêu năm qua, hệ thống sông Nhuệ - Đáy phải tiếp nhận nước thải của hơn 700 nguồn thải công nghiệp, sản xuất thủ công nghiệp làng nghề, trong số đó có nhiều nguồn nước chứa kim loại nặng, dầu mỡ, dung môi hữu cơ; bên cạnh chất thải của hàng trăm bệnh viện và chất thải sinh hoạt của trên 3 triệu dân.

Trạm xử lý nước thải Bình Hưng Hòa đã được xây dựng để xử lý nước thải trên kênh Đen thuộc địa bàn quận Bình Tân, Tp.HCM. Từ đó đến nay, trạm bơm đã được đưa vào hoạt động, song nước kênh Đen không được cải thiện mà ngày càng tồi tệ hơn.

Sau khi xử lý thí điểm ô nhiễm nước tại 7 hồ trên địa bàn Hà Nội, Chi cục Bảo vệ môi trường và Trung tâm quan trắc đã tiến hành thu thập thông tin và khảo sát hiện trạng 24 hồ kè bờ để tiếp tục xử lý ô nhiễm.

Thời gian qua, người dân nhiều địa phương như Hà Nội, Phú Thọ , Quảng Nam đã phản ánh hiện tượng ô nhiễm asen trong nước ngầm. Sự ô nhiễm này khiến người dân nghi ngờ đây chính là nguyên nhân gây ra căn bệnh ung thư.